01樹脂的選擇及氨基酸的固定
聚乙烯一乙二醇脂、聚酰胺以及交聯聚苯乙烯這三類樹脂主要用來作為多肽合成的高分子的載體。
通過保護的氨基酸的羧基同樹脂的反應基團之間形成共價鍵來來使氨基酸的固定得以實現。
02氨基、羧基、側鏈的保護及脫除
需要保護暫不參與形成酰胺鍵的氨基和羧基，以便使具有特定的氨基酸順序的多肽成功合成，同時也需要保護氨基酸側鏈上的活性基團，當完成反應后，再去除保護基團。
這些年以來，FMOC合成法的應用相當的廣泛。
一般使用形成酯基的方法來保護羧基。
逐步合成中保護羧基的常用方法為甲酯和乙酯。
03成肽反應
固相中的(多肽合成)成肽反應通常是在溶液內放入一個氨基被保護的氨基酸以及一個羧基被保護的氨基酸，
需要將酰胺鍵生成，不形成肽鍵，活化活化變成混合酸酐、活潑酯、酰氯
或用強的縮合劑(如碳二亞氨)形成對稱酸酐等方法來使酰胺鍵形成為常用的手段。
04裂解及合成肽鏈的純化
裂解和脫側鏈保護基，FMOC法直接用TFA，而BOC法用TFA+H。
有些時候，由于不同的條件，也會采用其它堿、光解、氟離子和氫解等脫保護方法。
一般采用高效液相色譜、親和層析、毛細管電泳等進一步的精制、分離與純化合成肽鏈。
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